Ο Μιλτιάδης Παπαδάκης αποφοίτησε από την Ιατρική Σχολή του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών το 1996 με βαθμό πτυχίου «Λίαν καλώς».
Ειδικεύτηκε στην Μαιευτική-Γυναικολογία στην Α΄ Μαιευτική και Γυναικολογική Κλινική του Παν/μίου Αθηνών στο Νοσοκομείο «Αλεξάνδρα» από το έτος 2004 έως το 2008 πραγματοποιώντας πληθώρα φυσιολογικών τοκετών, Καισαρικών Τομών και Γυναικολογικών Χειρουργικών Επεμβάσεων (Λαπαροτομιών, Κολπικών και Λαπαροσκοπήσεων).
Τον Ιούλιο του 2009 παρουσίασε την Διδακτορική του Διατριβή που εκπονήθηκε στην Α΄ Μαιευτική και Γυναικολογική Κλινική του Παν/μίου Αθηνών και του απονεμήθηκε ο τίτλος του Διδάκτωρα της Ιατρικής Σχολής του Παν/μίου Αθηνών με βαθμό «Άριστα».
Είναι μέλος της Χειρουργικής ομάδας του Μαιευτηρίου «Ρέα» και επιστημονικός συνεργάτης των Μαιευτηρίων «Μητέρα», «Λητώ» , «Γαία» και «Ιασώ».